电源提供直流电，在电泳槽中产生电场，驱动带电分子的迁移。电泳槽是电泳系统的核心部分，根据电泳的原理，电泳支持物都是放在两个缓冲液之间，电场通过电泳支持物连接两个缓冲液，不同电泳采用不同的电泳槽.常用的电泳槽有：
1、垂直板式电泳：制胶和电泳不在电泳管中，而是在块垂直放置的平行玻璃板中间，常用于聚丙烯酰胺凝胶电泳中蛋白质的分离和对少量核酸及蛋白质样品进行垂直电泳。电泳槽中间是夹在一起的两块玻璃板，玻璃板两边由塑料条隔开，在玻璃平板中间制备电泳凝胶，凝胶的大小通常是12cm～14 cm，厚度为1mm～2 mm，制胶时在凝胶溶液中放一个塑料梳子，在胶聚合后移去，形成上样品的凹槽。垂直电泳槽也有不同型号，一般分为小型，中型和大型，差别是凝胶板规格大小和试样格齿数及厚度。
2、水平式电泳：凝胶铺在水平的玻璃或塑料板上，用一薄层湿滤纸连接凝胶和电泳缓冲液，或将凝胶直接浸入缓冲液中。由于pH值的改变会引起带电分子电荷的改变，进而影响其电泳迁移的速度，所以电泳过程应在适当的缓冲液中进行的，缓冲液可以保持待分离物的带电性质的稳定。水平式电泳用于对少量或大批量核酸（DNA或RNA）进行琼脂糖电泳。水平电泳槽有不同型号，一般分为迷你型，小号，中号和大号，主要差别同样是凝胶板规格大小和试样格齿数及厚度。迷你型的试样格齿数一般有十齿左右，小号通常6～15齿不等，中号大多三十几齿，大号可达48齿。
3、等电聚焦多用途电泳槽：适合于分离分子量相近而等电点不同的蛋白质组分
4、转移电泳槽： 用来对少量核酸及蛋白质样品进行转移电泳的装置。分为槽式转印，半干转印，微量过滤和筛选，真空转印。槽式转印系统可理想地用于多数常规蛋白研究，可灵活选择电压设置，转印时间和冷却方法。半干转印槽无需缓冲液槽或转印夹就能实现快速，有效，经济的转印，最适于中等分子量大小的蛋白（10-100KD），也能从琼脂糖凝胶上转印DNA和RNA。微量过滤（或斑点印迹设备）用于新印迹分析中确定工作条件，或其他不要求凝胶电泳分辨率的应用。适于蛋白和核酸的杂交。真空转印能快速而有效的把DNA或RNA从琼脂糖凝胶转到尼龙膜。总之，您可以结合自身需求选择合适的电泳槽仪器。
例如：琼脂糖凝胶电泳分为垂直及水平型两种。其中水平型可制备低浓度琼脂糖凝胶，而且制胶与加样都比较方便，故应用也相对比较广泛些。