在仪器应用的过程中，在线气体分析仪影响因素种类较多且变化较复杂，而要想有效地控制这些影响因素及排除干扰测定的因素则困难比较大。例如微量氧的测定，不但要严格控制系统材质和密封，而且系统的洁净等诸多因素也必须逐一解决好，否则，氧成分分析不会得到正确的测定结果。而对于气体中微量水含量的测定，除了考虑以上提到的各种影响因素外，还必须考虑到样气中的水在管道内的吸附平衡题目，而这一题目的妥善处理必须依靠反复试验，了解其变化情况和规律，把握其中的操纵技术，以便得到正确无误的结果。当然，使用气相色谱仪测定高纯气体中ppm-ppb级杂质成分含量要考虑和控制的影响因素就更加复杂了。
　　气体成分在管道及设备中活动时发生的微观变化是复杂的、多变的。在常量气体成分分析时可以忽略的诸多影响因素，在微量气体成分分析时不仅不能忽略，反而必须认真对待，此时，在线气体分析仪这些因素已经成为影响微量气体成分分析正确结果的主要矛盾，必须逐一排除和解决才能使微量气体分析仪器工作顺利完成。这些影响因素主要包括以下几个方面：
　　①取样管路内气体多次的反复混合;
　　②管壁与气体成分的物理化学作用;
　　③管路材质;
　　④管路连接方式;
　　⑤管路洁净程度。