水是微生物广泛分布的天然环境，无论是地表水还是地下水，甚至雨水或雪水，都含有多种微生物。根据细菌对氧的需求情况，可分为三大类：厌氧菌、兼性厌氧菌、好氧菌。当水体受到人、畜粪便、生活污水或某些工业废水污染时，水中厌氧菌和兼性厌氧菌等微生物的数量可大增。因此，水的细菌学测定，特别是肠道细菌的检验，在环境质量评价、环境卫生监督等方面具有重要的意义。但是直接检查水中各种病原微生物，方法较为复杂，有的难度大，而且检查结果为阴性也不能保证绝对安全。所以，在实际工作中经常以检查水的细菌总数，特别是检查作为粪便污染的指示菌，来间接判断水体污染状况和环境卫生学质量。

　　水中含有细菌总数与水污染状况有一定的关系，但是不能直接说明是否有病原微生物存在。粪便污染指示菌一般是指如有该指示菌存在于水体中，即表示水体曾有过粪便污染，也就有可能存在肠道病原微生物。那么该水质在卫生学上是不安全的。

　　常用的指示菌或其它指示微生物有：总大肠菌群、粪大肠菌群、粪链球菌、产气荚膜梭菌、双歧杆菌属、肠道病毒、大肠杆菌噬菌体、沙门氏菌属、志贺氏菌属、铜绿假单胞菌、葡萄球菌属、副溶血弧菌等。此外，还有水生的真菌、放线菌和线虫。

　水循环是大自然非常重要的循环，但是水中所含的细菌数量是需要有规定的。

　　水中细菌总数可作为评价水质清洁程度和考核给水净化效果的指标之一。水中所含有的细菌，来源于空气、土壤、污水、垃圾和动植物的尸体，所以水中细菌的种类是多种多样的，其中包括病原菌。通过水传播的疾病有痢疾、伤寒、肝炎和急性肠胃炎等。被污染了的水源水细菌总数每毫升可达几十万个，甚至更多。这就需要水质监测。原水经过净化消毒后，病原菌被杀灭，普通细菌也明显减少了。一般认为饮用水中每毫升不超过l00个，水质亦良好。生活饮用水标准中规定细菌总数不得超过100个/mL。